Sorge in una delle zone di Venezia che fu tra le prime ad essere colonizzata. La leggenda narra che fu eretta da San Magno, vescovo di Oderzo a cui i dodici Apostoli avevano ordinato di costruire una Chiesa dove avesse trovato dodici gru.
Si ritiene che la prima Chiesa esistesse già nel IX secolo, mentre è documentata una ricostruzione avvenuta nel 1021. Nel 1400 l’architetto Mauro Codussi apportò molto modifiche alla costruzione, tra cui il porticato, la facciata laterale, la sacrestia e la cappella della nobile famiglia Corner. Originariamente questa sontuosa cappella con cupola, magnifico esempio di architettura rinascimentale veneziana, doveva servire come sepolcro per la regina di Cipro Caterina Corner, che fu poi in realtà sepolta nella Chiesa di San Salvador. Sono invece sepolti nella cappella Marco e Giorgio Corner, padre e figlio di Caterina. Nel 1575 la Chiesa fu ricostruita quasi ex novo da Alessandro Vittoria, che riutilizzò i soli muri portanti e salvò una parte degli affreschi e la cappella Corner. All’interno, nella splendida cappella Corner, c’è il bellissimo altare con la Comunione di Santa Lucia di Giambattista Tiepolo, del 1748. Notevoli anche La nascita della Vergine del 1599 di Giovanni Contarini, l’Ultima Cena di Cesare da Conegliano del 1583 e la Caduta della Manna, attribuita a Paolo Veronese.
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