Sull’isola, calcarea e priva di acqua, sono stati ritrovati reperti preistorici risalenti all’Età del Bronzo. Già nota ai greci, che la chiamarono Artemisia, a partire dal III secolo a.C. Giannutri divenne un conosciuto luogo di approdo sulla via dei commerci con la Sardegna e con la Spagna. In epoca romana, per la sua forma ad arco, prese il nome di Dianium, in onore di Diana, dea della caccia. Appartenne alla potente famiglia dei Domizi Enobarbi, molto vicini per parentela all’imperatore Nerone che, nella prima metà del II secolo dopo Cristo, vi edificarono una grande e sfarzosa villa. L’insieme dell’edificio principale e di tutte le sue pertinenze copriva una superficie di quasi 5 ettari di terreno. Era decorata con mosaici e provvista di terme. Le stanze principali e quelle riservate alla famiglia Domizia erano dotate di un impianto di riscaldamento posto sotto la ricca pavimentazione marmorea ed è tuttora visibile il complesso sistema costruito per la raccolta e la distribuzione dell’acqua sia piovana sia portata dalla terraferma. Ben visibili sono anche i due porti romani di Cala Maestra e di Cala Spalmatoio, posizionati in modo da consentire l’approdo sull’isola con qualsiasi vento.Finiti i fasti romani, Giannutri rimase disabitata per molti secoli, covo temporaneo dei pirati che periodicamente assalivano le coste toscane.

Tra il 1500 ed il 1700 gli spagnoli studiarono la possibilità di fortificare e rendere abitabile l’isola, ma furono in realtà i Francesi a realizzare questo ambizioso intervento nei primi anni del secolo successivo, intervento di cui oggi non è rimasta alcuna traccia.

Nel 1861 Giannutri entra a far parte del Regno d’Italia. In questa occasione sull’estremità meridionale viene costruito il faro di Capel Rosso, tutt’ora funzionante, per segnalare ai naviganti la scogliera sottostante.

A partire dagli anni ’60 iniziò una parziale edificazione dell’isola ad opera di privati, consorziatisi per organizzare servizi e spazi comuni. Le difficoltà tecniche e gli alti costi necessari per assicurarsi acqua, energia elettrica, approvvigionamenti e smaltimento dei rifiuti hanno portato il consorzio ad una intensa e continuata contrattazione con il Comune del Giglio di cui Giannutri è parte.

Il risultato della difficile gestione di un’isola che è al tempo stesso privata, ma non troppo, e pubblica, ma non abbastanza, è la totale mancanza di servizi e lo stato di abbandono di alcune costruzioni che saltano facilmente agli occhi dei visitatori.

In tutti i casi, la Villa Romana che era di proprietà privata è ora patrimonio pubblico. Dal 2 Luglio 2015 grazie ad interventi di restauro e di messa in sicurezza da parte della Sovrintendenza e del Parco dell'arcipelago la villa è aperta alle visite turistiche. Le visite si svolgono solamente con la guida ad orari prestabiliti per maggiori informazioni rivolgersi a: Comune Isola del Giglio 0564 806064 – comuneisoladelgiglio@pcert.it

Recentemente, inoltre, Giannutri è stata dotata di un dissalatore, nel tentativo di trovare una soluzione almeno al problema più sentito, quello della mancanza di acqua.

Nel 1996 è stato costituito il Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano, di cui Giannutri fa parte. Nel sito dell’Ente viene pubblicato l’elenco delle guide autorizzate a cui rivolgersi per organizzare escursioni nel periodo 26 maggio – 12 ottobre.

L’isola è inoltre classificata come Zona di protezione Speciale ai sensi della direttiva 79/409/CEE e come Sito di Importanza Comunitaria ai sensi della Direttiva Habitat 93/43/CEE per le sue specie endemiche, tra cui il Limonium Dianium.