Giannutri con il suo clima mite e la tranquillità dovuta alla scarsa presenza dell’uomo (gli abitanti stabili sono circa una ventina) costituisce un luogo ideale per la nidificazione degli uccelli migratori; è, infatti, chiamata anche Isola dei Gabbiani per l’importante colonia di grandi Gabbiani reali che ospita nei mesi invernali e che vi nidifica in primavera per poi spostarsi nei mesi estivi nel nord Europa.
Vi sono anche molte altre specie di uccelli, tra cui Berte, Cormorani, Upupe, Rondini e Rondoni, Occhiocotti, Tortore selvatiche, e Gruccioni, oltre a numerose specie di passeriformi.
Nelle grotte che si trovano sotto il faro vive una grande colonia di Pipistrelli.

Nonostante la mancanza di acqua, sono presenti sull’isola diverse specie di gechi, lucertole, bisce e il biacco, lungo fino a 2 metri e una discreta popolazione di conigli selvatici.
Non vi sono, invece, nè anfibi, nè animali velenosi.
Per quanto riguarda la fauna marina, l’incredibile trasparenza dell’acqua permette di vedere ad occhio nudo: stelle, ricci, occhiate, polpi, granchi, murene, anemoni e rondinelle. In zone più protette, inaccessibili alla pesca, come quella in prossimità del faro si riproducono grandi cernie, dentici e ricciole. Partecipando ad immersioni si scoprono spugne e splendidi coralli, tra cui quello rosso e quello nero.
Sempre più difficilida avvistare sono invece le tartarughe, mentre qualche volta il viaggio via mare dalla terraferma è allietato dalla presenza dei delfini.