Costruito nel 1225 da Giacomo Palmieri, capostipite della dinastia Pesaro, nel 1381 passò di proprietà della Serenissima Repubblica di Venezia che ne fece dono a Nicolò V D'Este per il suo appoggio durante la Guerra contro la città di Chioggia. Nel 1509 il Palazzo venne sequestrato dalla Repubblica di Venezia alla famiglia d'Este per farne dono a Papa Giulio II. Dopo vari passaggi di proprietà nel 1621 l'edificio venne convertito in sede dei mercanti turchi con magazzini, lavatoi, stanze e servizi. Con il diradarsi dei commerci con l'oriente l'edificio venne lentamente abbandonato fino a quando nel 1732 si verificò un crollo interno. Nel 1860 venne acquistato dal comune di Venezia che dopo lunghi, impegnativi e per alcuni versi disastrosi restauri lo destinò a sede museale. Attualmente il palazzo ospita il Museo di Storia Naturale.

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