Il museo si sviluppa negli spazi di un antico granaio, della ex chiesa di San Biagio e del Padiglione delle Navi situato nell'antica officina dei remi dell'Arsenale. La visita al museo è un modo per ripercorrere la storia navale italiana ed europea grazie ad antiche mappe, documenti navali, dipinti, oggetti, modelli di antiche imbarcazioni veneziane, tra le quali il Bucintoro, triremi, navi da guerra, transatlantici e armi, soprattutto cannoni.