Costruita assieme al convento tra il 1466 e il 1490, su volere di Ludovico il Moro, è nota a livello internazionale per custodire, nel refettorio del convento, il famoso dipinto di Leonardo "L'Ultima Cena" e, negli absidi, la "Tribuna" entrambi inseriti dall'Unesco nella lista dei beni patrimonio dell'umanità. La basilica venne edificata su progetto dell'architetto Solari, già ingegnere della Fabbrica del Duomo e della Certosa di Pavia. Dispone di una facciata a capanna ornata da rosoni e monofore, interessante è il portale marmoreo. I materiali utilizzati per la sua costruzione sono il cotto per i muri e il granito per colonne e capitelli. L'interno è a tre navate, sulle navate laterali si aprono due file di 7 cappelle. La fama della chiesa è però dovuta alla sua tribuna che costituisce la parte absidale, attribuita al Bramante, nella quale spicca una loggia ad archi su colonne binate.  Il convento si sviluppa attorno a tre chiostri quello dell'Infermeria, quello Grande e il Chiostro dei Morti. E' il chiostro dei Morti, attiguo alla chiesa, ad immettere al refettorio ove vennero dipinti da Leonardo l'Ultima Cena e i ritratti della famiglia Ducale: Ludovico il Moro, Massimiliano, Beatrice e Francesco, purtroppo andati quasi completamente distrutti durante il crollo del refettorio. 

Il Cenacolo di Leonardo fa parte dei Musei di Milano, per evitare le lunghe code è necessaria la prenotazione

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