Dalla Basilica si accede all'adiacente museo dell’opera, che si sviluppa nei locali del complesso francescano. Dal chiostro si accede alla Cappella Pazzi del Brunelleschi, per passare al trecentesco refettorio dove, nei locali attigui, sono esposte opere di vari artisti  tra le quali un crocifisso di Cimabue, gravemente danneggiato durante l'alluvione del 1966, la statua bronzea di Ludovico di Tolosa opera di Donatello, la discesa di Cristo al Limbo opera del Bronzino e la Deposizione della Croce di Francesco Salviati.

Quasi tutte le aree della Basilica sono accessibili alle persone con sedia a ruote tranne il Transetto, la Sacrestia e la Cappella del Noviziato. Per raggiungere l'adiacente museo è necessario recarsi alla rampa posta alla posta d'uscita del museo stesso.