Giannutri è caratterizzata da una tipica macchia mediterranea con abbondanti presenze di piante di ginepro, mirto, rosmarino, corbezzolo, cisto, lentisco ed euforbia arborea (attenzione a non spezzarne i caratteristici rametti: intanto perchè rovinereste una pianta bellissima, poi perchè contengono un liquido bianco, simile al latte, molto irritante) e qualche pino d’Aleppo. Son presenti anche orchidee e olivi selvatici, oltre ad agavi, oleandri e fichi degli ottentotti, introdotti dall’uomo e ormai naturalizzati. L’isola, dipendendo per l’acqua dall’andamento delle piogge, tende ad essere molto verde e fiorita in primavera, e molto arida in estate.