L'isola di Marettimo conta nel suo perimetro oltre 400 grotte considerando sia quelle emerse che quelle sommerse, spesso meta di escursioni da parte dei SUB. Di seguito l'elenco di quelle più note raggiungibili con escursioni in barca.

La Grotta del Cammello

La grotta prende il nome da un enorme scoglio a forma di cammello che emerge in prossimità della sua apertura. Al suo interno vi sono tre piccole spiaggette di ghiaia e sabbia dove si presume in passato la foca monaca trovasse riparo nella stagione invernale, partorisse e accudisse alle necessità dei propri piccoli. Oggi alcuni scatti effettuati con il sistema delle foto-trappole, ad opera dell'ente parco, fanno pensare ad un ritorno della foca monaca nell'area durante il periodo invernale. All'interno della grotta il mare è limpido e cristallino di un colore azzurro intenso. Le ore  migliori per visitarla sono quelle centrali della giornata quando il sole entra a picco attraverso l'apertura della volta creando splendidi giochi di luce e riflessi.

La Grotta del Tuono

Il suo nome deriva dal forte rimbombo che si verifica nella grotta durante le giornate di brutto tempo, quando le onde si infrangono con violenza nel tratto di costa circostante rimbombano come un violento tuono. Al suo interno il mare è di un colore blu intenso.

La Grotta della Pipa

Il suo nome deriva dall'omonimo scoglio che ha appunto la forma di una pipa. Situata vicino allo scalo maestro, nel versante nord dell'isola, la grotta fu abitata fin dall'antichità come dimostrano i resti di anfore, otri, piatti e lucerne che si trovano sui suoi fondali. La grotta si insinua all'interno dell'isola per circa 100 metri terminando in una sala con una vasca naturale di acqua dolce.

La Grotta del Presepio

Le conformazioni rocciose, le stalattiti e le stalagmiti all'interno della grotta hanno ricordato nell'immaginario popolare la forma di personaggi del presepio, che hanno poi dato il nome alla grotta. L'orario migliore per visitarla è il tardo pomeriggio

La Grotta Perciata

Si tratta di una delle grotte più suggestiva dell'isola da visitare possibilmente nel tardo pomeriggio quando i raggi del sole riescono a penetrarvi illuminandola. Il suo interno è ricco di stalattiti e stalagmiti.

La Grotta delle Palme

La grotta prende il nome dalla particolare forma delle rocce che assomigliano appunto a delle palme. E' posta in prossimità della Grotta del Presepe

Le Grotticelle

Conosciute anche con il nome di gruttidi sono costituite da una serie di piccole grotte che declinano rapidamente nel mare. Per la visita è bene dotarsi di maschera, fare a nuoto il tunnel della lunghezza di 40 mt ed entrare nella Grotta degli Innamorati.

Grotta della Figaredda

Il nome della grotta è dovuto ad una pianta di fico che una volta cresceva sulla sua sommità. La grotta è caratterizzata dalla presenza dell'Uccello delle Tempeste volatile dalle dimensioni di un passero, considerata specie protetta.